液相色譜的保護柱，顧名思義是用來過濾樣品和流動相中的雜質，保護色譜柱，延長色譜柱的使用壽命的。它的安裝位置通常在進樣器之后，色譜柱前端。
液相色譜儀保護柱在選擇時分為兩種：
一種是獨立式卡套保護柱。卡套內放有柱芯，柱芯內含有填料，柱芯可以更換，而柱芯是根據色譜柱的類型來選擇的。
另一種是一體化卡套保護柱。這是一種特殊的色譜分析柱構造，色譜柱前端是一體化的，可以直接打開保護柱卡套。
這種保護柱帶來的死體積較小，但是分析柱選擇時的成本較普通分析柱更高。
值得注意的是，保護柱的柱芯除了需要根據色譜柱的類型進行選擇，在第一次使用時是沒有方向的，但初次使用后就有了方向，不能再調換方向使用。
液相色譜儀在線過濾器是用來過濾流動相中的雜質和固體顆粒，用來保護液相系統的。它通常被安裝在泵后端，自動進樣器的前端。雖然也是卡套式，但是它的過濾芯只是一個篩板，和色譜柱的類型無關。
在實際使用時，由于在線過濾器的安裝位置和過濾芯只是一塊篩板，它僅僅只能用來過濾流動相中的雜質。
而保護柱因為具有和分析柱一樣的填料，所以它不僅可以過濾流動相和樣品中的雜質，更可以攔截樣品中的一些強保留、強酸性和強堿性物質，防止它們對色譜柱內填料的污染和損壞。
另外，由于保護柱和在線過濾器的安裝都是為了降低儀器的維護成本。所以當系統出現壓力變高、雜質峰、色譜峰拖尾、或者色譜柱的分離效果等問題時，建議直接更換保護柱或者在線過濾器的篩板。
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