氣相色譜儀毛細管柱的分析，使用純凈、無氧的載氣是非常重要的。在較高溫度下，毛細管柱的固定相易于氧化。建議在所有毛細管柱分析中都使用脫水脫氧凈化器。同樣，對所有火焰離子化檢測器(FID)中的空氣及尾吹氣管路，建議采用凈化器。另外，電子捕獲檢測器(ECD)的尾吹氣管路要設置水份捕集器，上述氣體的污染都會引起基線噪聲。
氣相色譜儀氣化室進樣口通常是易受污染的部位，襯套的潔凈和良好惰性對于色譜柱性能有著十分重要的作用。在安裝毛細管色譜柱之前，請仔細檢查上述襯套是否有樣品殘留物及隔墊和密封圈的顆粒物。另外，襯套還必須進行脫活處理，以減少對敏感化合物的吸附與分解。
進樣口隔墊處可能是另一污染和泄露源。用久的隔墊往往會"去心"或在中心處可能出現孔洞而造成泄露，請注意經常換隔墊，最好選用耐高溫的和低流失的隔墊．對新安裝的隔墊，須先老化一夜，以減少隔墊流失。
必須確認檢測器處于良好的工作狀態，尤其是FID,請經常清洗火焰噴嘴。檢查檢測器的氣體流速，以達到最佳柱性能。請注意檢測器污染或不適當的載氣流速都會降低靈敏度和柱效。
色譜柱在人工操作、存放及安裝過程中會暴露于揮發性化合物之中。通過老化，可消除由此產生的基線干擾。在安裝后，所有的色譜柱至少加熱老化一次。當進行高溫分析和工作處于高靈敏度時，請您必須對柱重復進行幾次老化程序。
在安裝好毛細管色譜柱后，開始通如入載氣，在室溫下吹掃柱15min。以5℃/min的升溫速率從室溫加熱至最高使用溫度，然后保持45min。如果您在高靈敏度工作條件下或選用厚液膜柱，則老化程序應重復幾次，并保持進樣器及檢測器的溫度低于最高使用溫度，確保色譜柱的穩定性，柱污染會引起無數的麻煩。經常出現的現象有峰形不規則、基線跳動、保留時間改變以及吸附等。
預防柱污染：
首先是預防進樣口的襯套。可以采用在進樣口襯套內填充玻璃纖維或石英棉，些填充物為收集高分子量以及無機化合物提供了表面，這樣可以減緩色譜柱的污染。當分析的樣品比較"臟"時，請您注意經常更換進樣口的襯套。但是，盡管采用內填填充物的進樣口襯套，污染物仍可能進入色譜柱。這些污染物會在色譜柱的前面冷凝、裂解或鹽析，在以后的分析中會降低靈敏度和柱效。
恢復已污染色譜柱性能的最簡易方法是，將色譜柱進樣口端去掉1~2圈，因為大部分的污染物聚集在色譜柱的柱前1m處，去掉這幾圈通常既可消除污染。另一個方法是用溶劑漂洗柱，但是這種方法比較費時，而且當溶劑選錯時將會破壞固定相。
通常總是將色譜柱放置在潔凈的桌面上，在不用時最好放入原來的包裝．含PEG和氰基的固定相需封口，以防止氧化。氧化會導致基線噪聲或基線升高。樣品容量的定義為，在峰不產生畸變的條件下，能注入柱的單個分析物的最大量。
色譜柱樣品容量與任一給定柱長中所存在的固定相數量有關。隨著固定相數量的增加，樣品容量也將增加。樣品容量也可借助較大孔徑的色譜柱來增加。每單位長度的固定相絕對數量隨柱直徑而增大。
