新冠狀病毒2019-nCoV為單鏈正鏈RNA病毒,如何檢測,山東譜析儀器和大家一起來看看!!
一、新冠狀病毒(2019-nCoV)簡介
在武漢發現的新冠狀病毒2019-nCoV為單鏈正鏈RNA病毒。在分類學上,2019-nCoV屬于網巢病毒目(Nidovirales)、冠狀病毒科(Coronaviridae)、正冠狀病毒亞科(Orthocoronaviridae)的Beta冠狀病毒屬(Betacoronavirus),同屬中還包括SARSr CoV、MERSr CoV等其它可感染人類的冠狀病毒。
通過報道的全基因組比對發現,2019-nCoV與SARSr CoV、MERSr CoV平均分別有~70%和~40%的序列相似性。且其與宿主細胞相互作用的spike基因(編碼S-蛋白)有更大的差異性。
SARS病毒的 S-蛋白和MERS病毒S-蛋白分別通過與人ACE2蛋白或DPP4蛋白互作結合來感染呼吸道上皮細胞。在S-蛋白的宿主受體互作區(RBD區),2019-nCoV與SARSr CoV比較相近,但是與MERSr CoV差異較大,首先排除了2019-nCoV病毒S-蛋白與DPP4互作感染人的可能。
通過分子結構模擬計算發現,雖然2019-nCoV病毒S-蛋白中與人ACE2蛋白結合的5個關鍵氨基酸有4個發生了變化,但變化后的氨基酸,卻整體性上非常完美的維持了SARS病毒S-蛋白與ACE2蛋白互作的原結構構象。
新冠狀病毒新在哪里?如何進行實驗室檢測?
盡管武漢新型冠狀病毒的新結構與ACE2蛋白互作能力,由于丟失的少數氫鍵有所下降(相比SARS病毒S-蛋白與ACE2的作用有下降),但仍然達到很強的結合自由能(-50.6 kcal/mol)。這一結果說明武漢冠狀病毒是通過S-蛋白與人ACE2互作的分子機制,來感染人的呼吸道上皮細胞。
二、新冠狀病毒(2019-nCoV)的檢測
目前的檢測都是基于提供的病毒基因組的測序,不同的公司和機構設計開發不同的檢測試劑或測試盒,但基本原理和方法都大體一樣。衛計委對這次新型新冠狀病毒歸為乙類傳染病,但目前按甲類傳染病控制。作為醫學檢測實驗室要關注的是檢測樣品傳送、檢測和樣本保存等的生物安全的控制,同時檢測結果的確認和報告。
(一)送檢樣本的要求:
按照衛計委有關醫學生物安全要求進行。根據生物安全相關規定,新冠狀病毒2019-nCoV的送檢樣本需要滿足以下要求:
1.樣本:必須在符合生物安全規范的場所進行取樣和包裝;
2.容器:密封、無菌,耐高/低溫度范圍-40℃~55℃(如需液氮保存時需耐受 -196℃),耐壓范圍≥ 95 KPa,防水、防破損、防泄漏,生物危險性標識、提示說明、放置方向等信息完整清晰;
3.標簽(貼在主容器外):類別、編號、名稱、容量;
4.相關資料(置于防水袋內,貼于輔助容器外):數量、危險性申明、鑒定書、發送接收者信息。
(二) 檢測指導原則:
1.應該在生物安全二級(BSL-2)以上級別設施中進行相關操作;
2.同時收集上呼吸道(URT)和下呼吸道(LRT)的標本,通過 RT-PCR 進行 2019-nCoV 核酸檢測;
3.僅在無法使用 RT-PCR 時才建議使用血清學進行診斷;
4.對于疑似患者,特別是患有肺炎或嚴重疾病的患者,單個 URT 樣本陰性不能排除2019-nCoV感染的可能,應增加LRT樣本,LRT(相對于 URT)樣本更可能呈陽性;
5.對于已經確診 2019-nCoV 感染的患者,應重復收集樣本(至少每 2-4 天收集一次),以證實病毒清除。直到患者出現兩個連續的至少間隔 24 小時的全陰性結果(URT 和 LRT 樣本均為陰性),可診斷臨床康復。
(三)樣本檢測實驗步驟:
對于新病毒的RT-PCR測試,不同來源的試劑盒要求的實驗操作不盡相同,應根據試劑盒說明書要求進行操作。
以下是典型的RT-PCR操作步驟:
1.取樣(URT 和 LRT 樣本);
2.取適量樣本與核酸提取液充分混勻;
3.對混合液進行金屬浴,95℃溫育5 min,4℃冷卻3 min;
4.對處理后的混合液進行實時熒光檢測。
三、檢測相關的儀器及材料
(一)相關的儀器設施
1.實時熒光PCR儀
2.全自動核酸分離系統
3.高壓滅菌鍋
4.生物安全柜(符合要求的)
5.冷凍離心機(10000轉/分以上,氣溶膠防護操作)
6.移液槍 (氣溶膠防護操作)
7.符合生物安全要求的隔離條件實驗室或區域。
(二)檢測試劑
1.病毒核酸檢測熒光試劑(或試劑盒)
2.核酸提取試劑(或商業化的提取試劑盒)
3.RT-PCR試劑
(三)相關器材
1.TIP頭,離心管,手套,聯排PCR管等。
2.人的安全防護:防護服、手套、N95口罩、 防護眼罩。生物安全消毒袋、有效的消毒液。
以上由山東譜析儀器根據網絡整理簡要介紹,供參考。