一根毛細管柱能夠完成氣相色譜儀多種分析的要求，根據柱污染程度可采取不同的方法來解決，如果污染不嚴重，污染物沸點不是太高，可通過老化來解決，但老化溫度不可超過柱子的最高使用溫度，且一般要較長時間（8-30）小時.
氣相色譜儀毛細管柱污染較嚴重，還可通過高溫老化，老化溫度低于最高使用溫度20℃ ，老化后仍不能使柱性能恢復，那就必須采用溶劑清洗，通常是用5倍柱容積的溶劑（如正戊烷，二氯甲烷等）通過色譜柱。當然，清洗熔劑用的越多，對柱性能的損壞越大，清洗完后，在通載氣老化一定時間，如果柱性能恢復，便可繼續使用。 必須指出：只有交聯柱才能清洗，對于非交聯柱，清洗柱子會徹底失效，因為固定液被洗掉了，至于清洗用熔劑的選擇，可參考說明書。
