高效液相色譜儀是一種常用的分析方法一樣，但不可能十全十美，作為使用者必須在了解高效液相色譜儀的特點、使用范圍和局限性的前提下，充分掌握高效液相色譜儀使用過程中的四大關鍵因素，就可在解決實際分析任務中發揮重要的作用。
1.液相色譜儀本身因素
對于儀器本身一般不會有問題，特別是剛買回來的新儀器。對于儀器本身最重要的就是儀器的校驗，剛買回來的儀器一般都是由賣家先對儀器做系統的確認工作（包括IQ、PQ、OQ），確認順利通過后，再請國家或省級儀器檢定局的來校驗，檢定合格后就可以放心使用了，除此之外，一些做得好的公司每半年會對儀器進行一次的內部校驗，目的就是為了保證儀器的正常可運行狀態。
2.色譜條件因素
色譜條件一般包括流動相、色譜柱、檢測波長、流速及進樣量。
流動相就涉及到配制流動相所用到的水和試劑試液，水一般要求用超純水或其他水的電阻率不大于18.2兆歐級別，試劑試液要求用色譜級別的，原因為防止水和試劑試液中的雜質對色譜結果的干擾。
色譜柱會因不同的品種而有不同的要求，但每根色譜柱都有它的清洗要求，這個在色譜柱說明書上都可以找到，一定要根據上面的要求進行，否則會造成色譜柱效下降和色譜柱的使用壽命縮短，檢測波長也會因品種的不同有不同的要求，這里需要指出的是要注意觀察檢測器氘燈能量的變化，比如基線波動大，活性成分的響應值突然變小等，都有可能是氘燈的能量不足所引起的，氘燈一般建議使用800小時，但實際上使用時間不止，可根據實際情況更換。
流速也因品種的不同而不同，一般為1.0ml/min，流速是不可隨意改動的，特別是作為QC人員，但是作為研發人員，有時為了摸索條件或進行方法耐用性驗證，會對流速進行改變以評價方法的適用性。對于進樣量因不同的品種也有不同規定，進樣量這塊現在都使用自動進樣，所以進樣精密度都很好，不需強調什么。
3.操作人員因素
首先，作為液相操作人員，一定要認真學習夜想的說明書，掌握液相硬件和軟件的操作，掌握日常的維護保養，掌握最基礎故障的排除和維修。
一般液相的操作規程也是有操作人員起草的，所以只要嚴格按照操作要求進行操作，一般不會出現問題，當然啫喱需要特別指出的是對于液相的日常維護保養很重要，比如流動相的過濾、脫氣、泵密封墊的清洗、系統管路的清洗、溶劑過濾頭的清洗等，倘若不堅持，很容易導致色譜柱堵塞、系統壓力過大、色譜峰異常等不必要的故障，浪費時間。
其次，操作人員在配制液相分析用樣品溶液時，最好由同一個人單獨完成，以免不必要的偶然誤差。
4.液相安裝環境因素
液相色譜儀應盡量安裝于水平、遠離振動、電磁干擾的屋內的臺面上，有條件的話盡量將液相數據處理系統分隔開，一個是防止色譜基線噪音偏大，基線不穩等，一個是為減少對人體的危害。
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